Abildgaard blev i 1762 af Konge Frederik den 5. sendt til Lyon for at lære ved veterinærskolen, som Bourgelat to år tidligere havde oprettet. Meningen var, at han skulle lære at behandle kvægsygen, som hærgede i Danmark.
I 1766 vendte han tilbage til København, men han havde desværre ikke held med at bekæmpe kvægpesten. Han fokuserede derfor på lægevidenskaben og fik i 1768 sin medicinske doktorgrad.
I 1773 blev det pålagt ham at oprette en veterinærskole, hvilket han ville modtage en gage for på 1200 Rdl. Han nedlagde senere sit lægeembede og praksis.
I årene 1774-78 var han præsident i Landhusholdningsselskabet.